他辦的學校要求首先學習英、法、日語言文字；學法律、公法、政治學、通商法、商稅法；學習天算、輿地、格致、製造、汽機、礦冶等。同時，隨著事業的變化，他及時改變專業設置，及時添設新的學科。例如，“南洋公學”在創辦之初，因為還是私塾當道，科舉盛行的時候，沒有教師也沒有學生來源。他就首先開辦了師範院，從培養教師開始辦學，次年又辦了外院(小學)，從小學開始，然後升中學，升大學，解決公學學生無來源的困難。為了迅速培養翻譯人材，他又辦了譯書院，東文學堂，從現在看來就是外語專業了。為了適應清政府經濟特科的選拔，他又精心開辦了“特班”，專門培養政府官吏。為了鐵路事業的發展，他還辦了“鐵路班”。
盛宣懷辦學的基本方針，是照本貫徹洋務派的教育思想，即“中學為體，西學為用”。所以，除了聘請中國的國學名家教授中國經史子集外，還聘請了洋人來教數理化和外語。除了聘請中國專家張煥倫作教務長外，又聘了美國人福開森(John Calvin Ferguson)為學校的監督(督學、洋教務長，這是因為清朝末年新辦的學堂都設“監督”這一官職而定的)。他是辦洋務的忙人，學校的具體管理聘請了同鄉好友何梅生作總理(校長)。他又不願意放棄權力，因此自稱為公學的“督辦”(這是清朝末年身份特別高的臨時機構主管官的名稱)。因而，他也就成了這所學校的最高的領導者了。
公學的經費由盛宣懷主管的招商局、電報局的商人捐獻，每年十萬兩銀子，這也是向外國人學來的。當時西歐一些國家學校的經費凡半由商人資助，半由國家付給，統稱“公學”。南洋公學的學生食宿都是公費，師範生還發給津貼，兼課的師範生還拿薪金。所以清寒子弟都願來報考“南洋公學”。
一九〇〇年，盛宣懷參與了英美策劃的“東南互保”活動，訂立了“東南保護約款”，保護帝國主義在中國的利益。西太後十分賞識他，盛宣懷的官愈大，野心愈大，清政府提升他為工部左侍郎、商約大臣、郵傳部尚書、皇族內閣郵傳部大臣。他投靠帝國主義，用“鐵路國有”的名義，將商辦的川漢、粵漢幹線作為抵押，借外債，出賣我國鐵路礦山主權，激起了鐵路風潮，引起人民公憤。
階級矛盾，統治者內部傾軋，使他的地位日益削弱。不久，商部戴振等即派楊士琦接管公學，改名為“商部高等實業學堂”。一九〇五年春天，盛宣懷結束了在我校的職權，脫離本校，以後，他逃亡日本，還繼續搞出賣漢冶萍企業的活動。一九一六年四月在上海病逝。
師範院的緣由
南洋公學作為新式學堂誕生後，首先遇到的困難就是無師資。在私塾遍布、科舉風行之時，人們心目中的教育還是讀經考八股，走科舉仕途，得榮華富貴。教師也還是私塾老先生和孔子聖位。對分班集體聽課，有秩序的安排課程，講西文西藝的事，既十分新鮮又等待觀望。